Avec aptitude, il est possible de downloader les packages sans les installer (c'est -D ou -d, vérifie le man).
Il te faut la même version de debian chez toi et ta machine va downloader les paquets en fonction de ce qu'il manque chez toi (si t'as déjà la dépendance X, ta machine ne va pas la downloader).
Si tu n'as pas debian chez toi, tu peux passer par la méthode très chiante (http://packages.debian.org/) et downloader chaque paquet à la main.
L'installation des .deb se fait par dpkg et traite les paquets un par un MAIS en respectant les dépendances. En clair, si tu fais dpkg -i nagios_xxxx.deb, il ne va pas chercher libtruc_xxx.deb qui est dans le même dossier mais il va te dire que le paquet nagios_xxxx.deb dépend de libtruc qui n'est pas installé et que ça ne fonctionne pas. La solution simple: dpkg -i *.deb. Ca fonctionne sous réserve qu'il ne manque pas de .deb dans le lot.
Au final, tous les paquets seront marqués comme installés manuellement et le fait de désinstaller nagios n'enlèvera pas ses dépendances.
Pour résumer, c'est possible mais pas idéal.