Je suppose que si tu n'arrives pas à le faire marcher, c'est parce qu'il manque des dépendances (kernel-header doit avoir besoin d'autres programmes pour s'installer). Utilise apt-get qui résout ce genre de dépendances. Sauf exceptions, tu ne devrai pas installer de programme autrement que comme ça. Donc en root : apt-get install kernel-headers, tu en choisis un et il va te demander d'insérer le CD/d'aller le chercher sur le net. Si tu l'as installé, tu peux utiliser son interface graphique synaptic, ça sera plus simple.
Si ça marche pas, le plus simple est de télécharger les sources du noyau sur kernel.org et d'installer les outils de compilation (make, gcc, libncurses5-dev) avec apt-get. Si la méthode 1 marche pas (les programmes sont pas sur le bon CD), reviens demander de l'aide