C'est simple: lors du boot tu charges ton noyau... or ton PC ne supporte le boot sur de l'USB. Il faut donc que ton noyau soit à un endroit que ton pc puisse accéder au boot (donc le disque dur ou une disquette).
Après une fois ton noyau chargé en mémoire, il va se décompresser, initialiser 2,3 trucs et essayer de monter le système de fichier racine pour continuer sont init. Et donc tu places ton système de fichier sur le compactflash.
A noter qu'il te faudra patcher ton noyau pour que ce dernier soit capable de monter un système de fichier racine via USB sans problèmes... En effet lorsque le noyau tente de monter le système de fichier racine, bien souvent des fonctionnalités comme l'USB ne sont pas encore totalement activées, c'est pourquoi il faut user de tempos pour ne pas avoir un "VFS: unable to mount rootfs..."
un patch possible par là: http://www.enseirb.fr/~kadionik/em [...] here7.html
et le lien général: http://www.enseirb.fr/~kadionik/em [...] where.html