En fait, avec MySQL, chaque database correspond à un répertoire et chaque table est stockée dans un fichier indépendant. En bricolant avec des liens, ce serait possible mais ca complique les choses pour rien
Le mieux, c'est d'avoir un répertoire destiné aux données (par exemple /var/BDD). Dans ce répertoire, tu auras autant de sous-répertoires que de bases de données créées (que tu peux nommer 'site1', 'site2' ...) mais ca, c'est géré par MySQL lui même