AM2 ou conroe, peut importe le choix, il faudra attendre au moins 6 mois après leurs dates de sorties pour avoir des machines testés et stables (maj des bios des CM, problème de compatibilité avec apps etc...)...
Donc si tu souhaites avoir un PC à court termes qui ne pose pas trop de problème mieux vaut prendre une configuration qui à fait ses preuves et qui a été tester de long en larges... (AMD s939 ou Intel LGA775 based, c'est une question de goût personel et je ne m'engagerai pas dans ce débat déja trop abordé)...
Si par contre tu peux attendre, vois ce qu'apporte réelement l'AM2 ou le Conroe (lorsque la plupart des problèmes "de jeunesse" seront résolus) et base ton choix en consèquence...