Ton histoire m'intéresse car j'ai eu la même chose avec ma machine sauf que je n'ai touché à rien et que c'est arrivé d'un jour à l'autre : écran sans aucun signal vidéo alors que le PC tourne (led, ventilos, disques, etc).
Je soupçonne également la carte mère, mais je n'ai pas de CPU de rechange sous la main pour vérifier. J'ai vérifié tout le reste (RAM, alim, CG et lecteurs) et rien n'y a fait. Un "clear CMOS" non plus (en enlevant la pile pendant plusieurs minutes).
En revanche il reste étrange que ta CM ne fonctionne plus avec le Core E d'origine et seulement avec le Q6600, même s'il y des problèmes.
A noter que mon problème était aléatoire au début. Parfois j'arrivais à booter jusqu'à Windows avec le signal vidéo. Je verrais bien un condensateur fatigué sur la CM.