j'avais eu un pb à la con dans ce genre il y a qq temps :
j'ai acheté un DD que j'ai mis en slave. Pareil, au demarrage, les 2 DD bien détecté, mais le PC bootait sur le slave uniquement, et je n'arrivais même pas sous Windoz.
J'ai carrément désactivé le DD slave dans le BIOS (dans la ligne detection auto/manual/none), et là comme par magie, le PC bittait sur le bon DD, ne detectait effectivement pas le slave au demarrage, mais ce dernier apparaissait sous Windoz, tout impecable ...
Essaye de ce coté si tu ne sais plus quoi faire, on ne sait jamais ...
a+