Reprise du message précédent :
D'accord, j'essaie dans la soirée si je peux, si je ne donne pas signe de vie d'ici 48 heures, prévenez les flics.

Je peux enfin passer ce sujet en résolu !
La solution a fonctionné à merveille, à une variante près, je mets donc en vitesse la façon dont j'ai procédé :

- Mon SSD C: était déjà réglé en "Actif" dans le gestionnaire des disques donc j'ai sauté cette étape.

- J'ai éteint mon PC, j'ai placé mon SSD en première place au niveau de mon Hotswap de Sata (Corsair 800D), j'ai mis mes 2 HDD en dernières positions.

- Direction le BIOS, je choisis de boot sur l'installation de Windows 7, je clique sur le petit lien en bas qui permet d'accéder au mode réparation/recovery, il me détecte en effet qu'il y a un problème au niveau du boot, il me propose de le réparer et de reboot, je le fais.

- C'est là que ça diffère légèrement, j'ai dû débrancher mes 2 HDD pour mener à bien la fin de l'opération, en effet, au deuxième reboot, quand je retournais dans Repair, c'était mon foutu HDD D: qui apparaissait et pas le C: (à cause du fait que le D: était déclaré comme "Actif" dans le gestionnaire des disques je pense), du coup j'ai reboot avec uniquement le SSD, je suis retourné dans le recovery de l'install, cette fois dans la liste il y a bien mon SSD C:, je le sélectionne et je peux alors utiliser l'outil Startup Repair, je le fais, ça reboot, et la magie, plus d'écran noir en boucle, l'opération a fonctionné, je peux boot avec seulement mon SSD.

Pour finir j'ai encore reboot mais en ayant remis mes 2 HDD, j'ai bien mis mon SSD en numéro 1 des priorités, et ça boot parfaitement.
Je suis bien content d'être tombé sur cette soluce.

J'espère que ça en aidera d'autres un jour.

Encore merci master

de rien...

Je me demandais :
 
Maintenant que j'ai remis la partition de boot sur le SSD, est-ce que je peux supprimer les fichiers cachés liés à ça sur le HDD D: sans risque ou pas ?

oui tu peux.

Ah ouais mais en fait non, je peux pas supprimer ces fichiers, ou alors faudra que j'essaie en mode sans échec, sinon tant pis.

heu.. bizarre...
normalement, si ils ne sont pas utilisés, ils devraient être supprimables...

J'ai toujours pas essayé en mode sans échec mais j'avais pu tout supprimer sauf 1 fichier et 1 dossier :

EDIT : J'ai d'ailleurs remarqué que le temps de boot a grossi d'environ 5 secondes par rapport au temps où tout allait bien, quand je boot, ça reste quelques secondes sur le logo Asus, et j'entends un bruit de HDD qui se démarrer (ou redémarre je ne sais pas), je pense que c'est le fameux D:, mais pourquoi il fait ça ? Ou alors ça essaye encore de boot sur le D:, mais vu que j'ai delete les fichiers ça ne peut pas, et ça rebascule alors vers le C: où tout va bien. Mais je pige pas pourquoi ça ferait ça alors que j'ai mis le C: en prioritaire pour boot.

Dernière fois que je bump ce sujet.

J'ai finalement entrepris un très gros ménage sur ce disque D: pour être capable de garder le nécessaire en le transférant sur mon F:, j'ai alors pu formater proprement le D:, toute trace des anciens fichiers de boot a disparu.

Le bruit et le temps supplémentaire au démarrage ont disparu également, tout est rentré dans l'ordre pour de bon cette fois.