On va supposer que tu parles des disques IDE déja, parce que les cavaliers sur les disques SATA ne servent qu'a une chose pour le moment, forcer le disque en SATA 1 pour les machines qui bloquent avec les disques en SATA 2.
De mémoire les premiers cavaliers servent uniquement au réglage master / slave / cable select, et en leur absence le disque sera en slave (en tout cas c'est le cas sur les disques Maxtor, les autres constructeurs ont peut être un autre paramétrage par défaut).
Si tu as déja un autre disque en slave sur la même nappe IDE, forcément ca ne va pas passer.
Les autres cavaliers sont la uniquement pour des raisons de compatibilité avec les très anciens BIOS, et permettent de brider la taille du disque (les BIOS ont eu historiquement des limites dans la taille maximale d'un disque, de mémoire 2.1Go, 8.4Go, 40Go, 137Go puis 2.1To).
Du coup, sur une machine pas trop vieille, dotée d'un seul disque dur, avoir un disque sans aucun cavalier ne pose pas de soucis. Si tu as une machine avec deux disques sur la même nappe IDE, l'un devra être en master et l'autre en slave.
Sur une machine plus ancienne, si le disque empêche de booter, alors il faut positionner les cavaliers de compatibilité pour que le disque indique une taille maximale que le BIOS peut gérer.