Tu peux le faire de plusieures façons:
tu selectionne la couleur que tu souhaite voir devenir transparente grace à l'outil "sélection des régions par couleurs" (tu peux jouer sur le seuil dans la fenetre "options des outils".)
Si cette séléction te va, tu fais calque-> transparence -> seuil alpha (seuil au max)
ou bien, comme dis plus haut, meme manip' de sélection puis: Filtres > Couleurs > Couleur vers alpha..
Je ne connais pas la différence entre ces deux possibilités