Il me semble qu'il y a une fonction aplatir dans illustrator (j'ai la flemme d'aller regarder, mais je crois avoir déjà utilisé un "flaten picture" dans les options de la palette des calques...).
Le format eps garde les calques (en tout cas la dernière version, tout comme le tiff). Donc C'est très utile d'aplatir pour ne pas avoir de problème en important dans un autre logiciel (dans x press par exemple).
Si tu importes dans photoshop, vu que le resultat est un bitmap aplati, t'auras acun problème.
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Tutos GFX | Revue de presse