tu numérotes chacun des tes annexes (1,2,3,... en leur donnant un petit titre si necessaire) et tu reprends ça dans ton sommaire.
Dans le texte si c'est important pour la compréhension, tu fais des renvoies : (voir annexe XI, p.149)
En fait je crois comprendre pourquoi on comprend rien à ta demande (:p), ton problème c'est que t'as des annexes "externes" que tu n'imprimes pas toi même c'est ça ?
Si c'est le cas, essais de les scanner et les mettre au format, et au pire du pire, prends un stylo noir et voilà...