Si deux de tes disques ont eu besoin de réparation alors il y a un souci quelque part, on ne va pas chercher midi à quatorze heure : commence par un scan antivirus et tout le tintouin, un CHKDSK au démarrage avec tous tes disques branchés et un test de débit avec Crystaldisk Mark. Poste tes résultats et on pourra te dire
Le cas échéant, rebranche tes disques durs externes autant de fois que nécessaire pour confirmer ton hypothèse qui me semble juste. Un périphérique endommagé peut tout à fait ralentir voire arrêter le système.