Oui l'IPSEC s'entend assez mal avec le NAT.
En fait cela vient du fait que les headers IP servent "d'authentification" et donc s'ils sont NATés cela plait pas trop au serveur VPN.
En pratique, pratiquement tous les routeurs matériels récents ont la fonction "nat passthrough" qui permet de laisser passer du vpn sans le casser (tout comme le H323 d'ailleurs).
Pour les routeurs softs je pense qu'il doit exister une fonction similaire