L'AUTOEXEC.BAT n'a jamais été indispensable au même titre que le CONFIG.SYS, et ce quelle que soit la version de DOS, ou de Windows. Ce ne sont pas des fichiers de démarrages à part entière. Par contre, ils servaient à charger des gestionnaires de mémoire, des TSR (driver de souris, driver de clavier francais, driver de carte son pour certaines, etc.), et éventuellement d'autres programmes.
Dans toute la série des WinNT / 2000 / XP, et même WinME me semble-t-il les fichiers CONFIG.SYS et AUTOEXEC.BAT ne sont mème pas interprêtés étant donné que le DOS n'y existe plus.
Par contre AUTOEXEC.BAT est encore beaucoup utilisé pour certains logiciels pros qui ont besoin de variables d'environnement spécifiques. Dans des systèmes NT ces variables sont configurées directement dans l'OS par un panneau de configuration.