Le plus propre est de créer un Unité d'Organisation (OU) dans laquelle tu vas tes utilisateurs (pas les groupes, j'ai bien dit les utilisateurs). Ensuite, sur cette OU, tu appliques ta stratégie. Dans les paramètres de sécurité, tu choisis de n'appliquer la stratégie que pour le groupe que tu veux.
Pour explication, tu ne peux pas appliquer des stratégies sur une OU contenant des groupes. En revanche, tu appliques tes stratégies sur des OU contenant des utilisateurs, mais tu peux limiter l'application de ces GPO à certains groupes seulement...
Je sais pas si je suis très clair
Pour répondre à ta dernière question, tant que tu n'as pas plusieurs GPO modifiant le même paramètres, elles ne vont pas interférer entre elles