Bon je suis pas sur de bien comprendre ta configuration, tu peux preciser (quel disque est en maitre/esclave, quelles partitions sont utilisées, t'as quoi dans ton fichier boot.ini).
Sinon de maniere generale, il faut que le bootloader de 2000 soit sur la partition principale du disque en maitre (avec 98). Si il n'y est pas, il faut copier les fichiers que t'as a la racine de ta partition 2000 (ntldr, ntdetect.com, msdos.sys, io.sys, boot.ini...) et ensuite modifier ce boot.ini pour rajouter win98 (tu rajoutes la ligne c:\bootsect.dos=Windows 98)