A vue de nez, je ferais un truc comme cela (pour 2000, a verifier pour autres OS):
un fichier .reg avec
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\TypedURLs]
"url1"=""
Ensuite, je l'importe (en batch ou par script) par la commande
regedit /c /s <chemin et nom du fichier.reg>
Au pire, jette un oeil sur
http://www.robvanderwoude.com/index.html