Effectivement en génral le noyau MP fonctionne en single. Toutefois si c'est un noyau spécifique de NT tu peux avoir des surprises.
Enlève le second proc et regarde si cela fonctionne, si ce ne'st pas le cas remet le en place.
Il est possible de remplacer manuellement le noyau, l'explication fait l'objet d'un article du technet (qui explique comment mettre à jour manuellement le kernel et quels sont les fichiers à bidouiller), mais je n'ai plus la référence exacte.