Comment configurer php pour que des fichiers php contenus dans un certain répertoire aient accès à toutes les fonctions php et que d'autres aient un accès limité à certaines fonctions?

Ca n'est pas possible directement.  
 
Tu peux cependant eviter d'utiliser les fonctions interdites dans les repertoires specifiques ....
 
Une solution plus efficace mais qui est beaucoup plus compliquee a mettre en oeuvre : installer PHP4 et PHP3 sur le meme server et forcer chaque interpreteur PHP a n'executer que les fichier dont l'extension est la  meme que la sienne. Attention sous apache il faut en installer un en tant que module apache et l'autre en tant que module cgi.
Et apres il faut configurer  l'interpreteur PHP que tu compile en modules apache  de facon a ce qu'il n'execute pas certaines fonctions ...  
 
Donc seul le user qui se aura des droits sur les cgi pourras utiliser les fonctions reservees.

Mais alors les hébergeurs de sites qui utilisent php pour leur site et qui autorisent le php sur leur serveur pour les utilisateurs, ils font comment?

Ils peuvent avoir 2 servers HTTP par exemple ... un qui ne fait tourner que leur site propre et un autre qui gere les comptes des utilisateurs.  
 
Ou encore renommer des fonctions fournies en standard par PHP de sortre que seuls eux puissent connaitre le nom de la fonction a utiliser.

ok, merci

Encore un truc, tu fais comment pour empêcher le simple utilisateur d'utiliser cgi?

En regle generale il suffit de ne leur donner aucun droit d'acces au repertoire CGI du server HTTP (cas d'apache notamment).