J'aimerais sécuriser un réseau (2 réseaux dont un avec serveur Linux + Routeur + NAT). Qu'est-ce que je dois mettre en place ?

Il faut surtout protéger ton routeur.
Par exemple interdire le telnet, le smb, le nfs venant de l'extérieur.
Il faut utiliser ipchains, lis le IPCHAINS-HOWTO, c'est très bien expliqué.