Dans le resource Kit NT4 ou 2000 tu as un utilitaire nommé shutdown.exe qui permet de stopper les machines à distance avec un joli message que tu peux hoisir et une temps de grâce que tu choisi aussi... genre 5 minutes pour que le type puisse enregistrer ses machines.
Pour faire sur toutes les machines il suffit de crééer un script... le mieux serait en WSH (Windows Sripting Host) car c'est ce qui te laisse le plus de souplesse (traitement conditionnel, boucles, etc)... sinon un bête batch MSDOS pourrait faire l'affaire.