Pour les raccourcis, voici les chemins où ils sont stockés :
Pour tous les utilisateurs : C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\
Pour un utilisateur en particulier : C:\Users\"le compte utilisateur"\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\
Si tu veux que ton raccourci soit visible sur tous les comptes, il faut sa présence dans le premier chemin.
Si tu veux que ton raccourci soit visible uniquement que sur un compte, il faut l'enlever du premier chemin et le placer dans le second chemin.
Pour les programmes qui se lancent au démarrage, il y a deux comportements :
Le programme démarre en tant que service, et dans cas, il faudra aller dans la console des services pour spécifier un compte particulier dans lequel le service doit démarrer (double-clic sur le service, puis onglet "connexion" )
Le programme démarre en tant qu'application à l'ouverture d'une session utilisateur : tu utilises msconfig pour désactiver un programme au démarrage.
Mais franchement, tu t'embêtes là (surtout si ta bécane supporte bien la charge)