N'as-tu pas la possibilté de choisir l'ordre de démarrage lors de la phase de boot ?
Ton hd externe est reconnu par ton BIOS lors de l'initialisation du boot ?
Peux-tu choisir sur quoi tu veux booter en premier ?
Perso je ne l'ai jamais fait via hd externe, mais si au niveau du BIOS c'est géré, il ne devrait pas y avoir de pb, mais je ne te garanti rien ;-)