C'est surtout que l'hébergement d'un site web nécessite des compétences pour administrer les différents composants.
L'aspect sécurité est une des compétence qu'il te faudrait avoir.
Cet aspect n'est clairement pas nécessaire pour un environnement de développement qui n'est pas exposé à l'extérieur, raison pour laquelle ces packs de développement ne s'attardent pas plus que cela sur la sécurité.
Par contre pour un environnement qui est en production et exposé il vaut mieux que tu te poses sérieusement la question quant à cet aspect. Souvent les produits "séparés" ont des versions plus récentes qui corrigent des failles que ceux intégrés dans un pack, de plus la configuration de ces produits est prévue à la base pour un environnement de production.
Entre nous soit dis Apache, Mysql et phpmyadmin sont faciles à installer même séparément (install les dans l'ordre ci-dessus).