Bonjour
Le contenu d'un fichierest dépendant de son type (.dll, .exe, .jpg, .mp3, etc...)
Si ce sont des images jpg, bien que l'image soit la même, le contenu du fichier sera parfois différent. Cela est du à la compression jpeg. Il y a le programme PicMatch ( http://www.droidinfo.com/software/pictmatch ).
S'il sagit plutot de fichier systems ou autre (dll, .exe) tu peut utiliser des programmes de nettoyages comme SystemMecanic (je crois qu'il a un support pour les doublons). Mais là, je te conseille vivement d'être prudent. Ton system peut rapidement devenir instable.