Protools ne tourne que sous win NT/2000 et Mac, ensuite pour le faire tourner il faut du hardware digidesign (sauf la version gratuite limitée à 8 pistes je crois qui tourne avec n'importe quelle carte son), et puis les plugins sont dans un format spécifique à Protools aussi (TDM et RTAS). Donc pas de plugins Direct X ou VST.
Autre différence notable : le prix.
Ca fait pas longtemps (1-2 ans) que Protools intègre des fonctions de séquenceur MIDI et qu'il est dispo pour PC, avant c'était que sur mac et ça servait "que" pour l'audio.