C'est pour de la musique ?
Winvorbis devrait y arriver :
http://winvorbis.stationplaylist.com/
EAC ou Cdex le peuvent également, puisqu'ils peuvent compresser des waves firgurant sur disque durs.
www.exactaudiocopy.de
http://cdexos.sourceforge.net/
Tu peux utiliser le traditionnel OggDrop : il te suffit de glisser tes fichiers sur le petit poisson pour qe tout s'encode. Tu peux multiplier l'opération alors même que le programme encode.
http://www.inf.ufpr.br/~rja00/
Dernière solution : Winamp, pour qui il existe un wave_out qui encode en ogg. Tu mets tes fichiers dans la playlist (pas nécessairement des waves), tu lances « play » et tu attends.