Moi j'utilise le codec huffyuv (oui, je sais, personne connait).
C'est une compression sans pertes.
En plus, la compression se fait image par image, pas de pb de keyframes.
Comme ca, tu peux faire ton montage sans aucune perte de qualité et ne compresser que pour le fichier final.
L'inconvénient, c'est que ca compresse que 2 a 2,5 fois.