Si le flv en question contient du h264, il vaut mieux le changer de conteneur parce que le flv pose parfois problème : tu extrais le son et l'image avec FLVextract puis tu les mets dans du mp4 avec Yamb.
Il y aussi moyen de passer de flv à avi sans ré-encodage (si le codec est du VP6) avec Virtual Dub (ou Virtual Dub Mod) : tu ouvres le flv et tu le sauves en avi en mode direct stream copy.