XML c'est tout con, c'est juste des balises pour y mettre des données à l'intérieur. SAX est pas mal mais ne permet pas l'écriture dans le fichier XML.
Sinon, JDOM est simple, j'ai bossé avec. Tu fais une arborescence avec le fichier XML. C'est ce tuto que j'ai lu //cynober.developpez.com/tutoriel/java/xml/jdom/