JTable repose sur une classe qui implémente TableModel pour stocker les données qu'il affiche (cf. constructeur de JTable ; tu peux utiliser DefaultTableModel si tu veux : elle répond souvent au besoin). Et si tu as correctement créé ton tableau avec son objet modèle-de-données, il est mis au courant à chaque fois que les données du modèle change (plus techniquement, il est un des TableChangeListener de son propre modèle de données).
Si c'est bien le contenu de ton tableau qui doit changer (au niveau de l'affichage), alors vérifie que tu as bien suivi le modèle de conception ci-dessus. Tu verras que les modifications de données seront transmises au tableau toutes seules, dès que tu modifies les données de ton modèle de tableau.
Si c'est l'apparence du tableau qui doit changer (du genre l'ordre des colonnes ou les lignes sélectionnées), alors c'est du changement d'affichage et pas de contenu (c'est-à-dire de données). Là, tu peux agir directement sur ton objet JTable en appelant une méthode dédiée.