Je ne pense pas que tu utilises des frames effectivement.
Par contre, les personnes qui ont fait ton devis on certainement voulu dire que toutes tes pages font appel à la meme page d'entete via ton include, et donc que toutes tes pages ont la meme description, les meme mots clés..etc
Un bon référencement implique des infos différentes pour chaque page.
Cela dit, ce n'est pas non plus très grave.
Tout dépend de l'utilisation de ton site web.
J'espère t'avoir aidé.