Personnellement je préfère les mettre tant que possible dans les sources. Je n'aime pas surcharger les header. Pour moi un header sert à voir globalement et rapidement l'interface d'une classe, si on rajoute 5-10 lignes de commentaires entre chaque proto, l'information est perdue.
Si l'utililsateur veut une doc de référence la plus complète alors la doc générée est la pour ça, et à plus forte raison quand il n'a pas les sources.
Évidemment, ces considérations dépendent fortement du projet...