bah, ton fichier lu au démarrage, si c'est pas le dernier à être lu, et qu'un autre fait le même genre de choses, sans veiller à conserver la vaeur de ton LD_LIBRARY_PATH c'est cuit ton truc....
Essaie de toutes façons de le mettre dans /etc/profile
Pis sinon, une autre solution consiste à écrire un petit script de démarrage pour ton appli :
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#!/bin/sh
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH
halflife/hlds_l
export LD_LIBRARY_PATH
tacommande
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Tu sauves ça dans un fichier, tu le rend exécutable, et le tour est joué!!
Par contre, n'utilise pas la syntaxe export LD_LIBRARY_PATH=/halflife/hlds_l:$LD_LIBRARY_PATH
dans ton script, à moins que /bin/sh ne soit un lien vers /bin/bash ou à moins de mettre #!/bin/bash en entête : export TOTO=.... est une syntaxe Bash.
Voila voila.