Oui le .xinitrc est à mettre dans le répertoire utilisateur. C'est ce qui est exéctué quand tu démarres X à l'aide de la commande startx.
Pour virer kdm/gdm, le plus simple est de me pas booter en mode graphique, ce qui généralement revient à booter en runlevel 3 et non 5, pour ça il faut modifier /etc/inittab. Il doit y avoir une ligne genre id:3:initdefault: dedans à remplacer par id:3:initdefault:
Ensuite il faut placer un startx dans un des fichiers de démarrage.
Une autre méthode est d'utiliser gdm/kdm en mode login automatique, ça te démarrera ta session direct. Mais dans ce cas c'est pas .xinitrc qui est utilisé mais les fichiers dans /etc/gdm/Sessions/ je crois.