oui, tu créé des partitions distinctes et c'est tout (le swap peut évidemment être commun)
Le seul brun de difficulté est de configurer le chargeur de boot. Une solution simple est d'installer un chargeur de boot sur la racine du disque principal, comme on le ferait pour un multiboot win/lin et d'installer le boot manager de la seconde installation directement sur sa partition et de faire appeler celui-ci par le premier.
ex:
RH9 sur /dev/hda1
Mdk 9 sur /dev/hda5
installer lilo sur /dev/hda5 depuis la Mdk
installer lilo sur /dev/hda depuis la RH9 et avoir une section ressemblant à ce qui suit dans la conf de ce lilo.
other=/dev/hda5
label=Mandrake
tu peux aussi n'utiliser d'une seule instance de lilo mais il faudra faire attention et le maintenir à jour en cas de changement de noyau.
Avec grub, ce sera beaucoup simple mais là il faudra lire le man grub 
