Dans ce cas, vérifie que tes partitions sont bien reconnues depuis le chroot (peut être que tu essayes de faire un fsck sur une partition qui n'a pas été détectée).
Le plus simple est de vérifier via les logs (/var/log/messages) et / ou depuis un utilitaire de partionnement (cfdisk ou parted, par exemple) histoire de voir comment ça se présente à ce niveau.
Essayes aussi d'obtenir plus d'infos quand aux superblocks via tune2fs, par exemple :
Autrement, tu est sûr qu'il ne s'agit pas plutôt d'un problème de mémoire (RAM défectueuse) ; les segfaults sont souvent symptômatiques de ce style de problèmes (qui peuvent faire échouer un fsck et induire en erreur en laissant penser que le FS est endommagé) ; tu devrais la vérifier en effectuant un memtest86+ dessus.
Voilà, en espérant avoir pu t'aider.
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THRAK (def.) : 1) A sudden and precise impact moving from intention, direction and commitment, in service of an aim. 2) 117 guitars almost striking the same chord simultaneously.