Je ne connais pas trop FreeNAS du coup je vais éviter de répondre là dessus.
Pour la différence de raid matériel et logiciel, il faut une carte contrôleur pour le premier alors que pour le second, c'est l'OS qui gère le truc.
Y a aussi le raid que l'on peut appeler "semi-matériel", en gros c'est la carte mère (BIOS) qui fait le raid.
Tu peux google là dessus, y a pas mal de sites qui vont t'expliquer en détails les avantages et inconvénients de chacun.
Pour le streaming audio et vidéo, le plus simple serait d'utiliser un client upnp sur ta TV avec le serveur sur le NAS.
Tu peux effectivement investir dans un petit Raspberry mais faudra configurer cette petite bête, sinon une mobo plus multimédia que la ASROCK permettra de faire NAS & HTPC.
Par exemple pour les premiers points 3&4, y a moyen de brancher ta TV en HDMI et d'utiliser la sortie jack pour ton ampli avec un lecteur audio dédié.
Le hic sur cette proposition c'est qu'il faudra sûrement oublier FreeNAS et partir sur un os plus classique par exemple un debian ou un windows.
Faudra donc créer un raid en amont si tu veux "un peu" de sécurité sur tes données.
Perso c'est ce que je ferai mais faut accepter d'avoir la machine dans le salon. 
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Pour les autres points:
1/ Vu l'utilisation que tu décris, je ne suis cas certain qu'une config avec ram ECC soit intéressante pour du stockage, torrent et multimédia. Et puis aucune évolutivité avec un CPU intégré, sans parler des sorties... 1 VGA, 2 USB et 3 LAN 
2/ Aucun intérêt d'investir plus pour de la DDR4 et du M2. Trouve plutôt une carte mère avec pas mal de SATA et qui gère le raid5 convenablement. (Possibilité d'augmenter la taille sans reconstruire la grappe)
3/ Si tu veux uniquement faire uniquement un NAS, FreeNAS semble être très bien. Perso je préfère partir sur une distrib classique et tout faire moi même, beaucoup plus de possibilités imo.
4/ Si t'es puriste, faut oublier la musique numérique. Sinon question de goût, les sorties analogiques de certaines mobos ne sont pas dégeus mais si tu veux garder une machine compacte (miniITX avec gros stockage), ce sera compliqué d'ajouter une carte son.
