Les ports Intel sont gérés par le chipset Intel X79 de la carte mère directement. (2 SATA 6Gb/s et 4 SATA 3Gb/s)
Les ports Marvell sont gérés par un chipset Marvell additionnel. Souvent on constate que les ports gérés par les chipsets additionnels sont moins rapides que les ports gérés directement par le NB. ça ne veut pas dire qu'ils sont pourris, ça veut dire qu'ils sont moins rapides.
Donc effectivement, le mieux est de commencer par utiliser les ports Intel, et les autres ensuite. (Sachant que normalement les ports 6Gb/s Marvell restent plus rapides que les 3Gb/s Intel)
Tu peux brancher les HDD, BD, graveurs,... sur des ports 3Gb/s ça ne les ralentira pas. Seuls les SSD "SATA3" peuvent être "bridés" par un port 3Gb/s