Pour accélérer les applications "en général" comme tu dis, il n'y a pas de mystère : de la RAM et encore plus de RAM !
Mettre 1 Go de RAM comme je t'ai conseillé te donnera un grand bond en perfs.
Parce que ton processeur est encore largement suffisant, à moins que tu fasse des applications complexes, des calculs
3D, de développements...
Ensuite un DD à 7.200 trs/mn avec 8Mo de cache en UDMA133 ou S-ATA booste aussi les perfs pour les applications (à condition de faire régulièrement des défragmentations).
Si t'as un peu d'argent, alors achète sans hésiter un DD Raptor 74 Go, c'est une bombe!
Pour ça, je te conseille comme je l'ai dis de changer de carte-mère pour profiter de ces petits plus (surtout le S-ATA) et tant qu'à faire, plus tard tu pourra utiliser le RAID 0 grâce à l'ICH5R de Intel fournis avec la MSI Neo (mettre 2 Raptors en RAID 0 est un MUST!).
Passer à l'Athlon64 ne te sera pas utile, puisque tu ne fais pas de jeux.
Fais ce que je te conseille et ça te coutera moins cher que de tout changer.