Si tu mets l'OS sur une partition et les applications sur une autre, dans un pc en dual boot, tu vas vite t'y perdre. Aucun problème au niveau des performances/usure pour installer les applications dans la même partition que l'OS.
Les données lourdes ou pour lesquelles la vitesse d'accès n'est pas primordiale peuvent par contre tout à fait être stockées ailleurs, notamment si tu veux gagner de la place sur ton SSD.