Les mémoires flash ont une durée de vie limitée en terme d'écritures. Pour une utilisation classique, il y a peu de chances de l'atteindre (c'est de l'ordre de 100000 cycles par secteur, peut-être même plus sur les puces récentes ou de bonne qualité), par contre pour un OS, ça peut être dangereux (notamment pour le swap).
Ceci dit ceratins périphériques de masse sur mémorie flash intègrent des mécanismes d'écriture aléatoire pour contourner ce problème (je ne sais pas si c'est le cas des clefs USB), et il existe au moins un système de fichiers conçu pour ce genre d'utilisation, mais sous Linux : JFFS