Je crois que c'est Windows qui crée des fichiers que tu ne peux pas voir sous Windows, et qui peuvent atteindre une part non négligeable de la partition. Par contre tu peux les voir sous Linux (mais pas les supprimer évidemment ! )
Je ne sais pas à quoi ils servent, mais puisque ta partition est vide tu n'as qu'à la formater, ça va r´gler le problème !