Les système de refroidissement custom + la renommée de la marque (Asus fait souvent payer plus cher ses produits).
Pour un GPU donné la fréquence GPU/mémoire peut être un bon indicateur. La mémoire intégrée faut voir. Par exemple avec une R9 270X, 2 Go de VRAM sont très bien si tu utilises une seule carte. Il existe des versions 4 Go de VRAM qui n'ont de sens qu'en Crossfire (2 cartes AMD identiques), si tu as 1 seule carte sur écran full hd, aucune différence entre entre une 2 Go ou une 4 Go.
Sinon pour les fréquences il faut faire attention aux version "OC" d'usine où quelques fois ce ne sont que quelques dizaines de MHz, sachant que la plupart du temps tu peux OC manuellement via certains softs (MSI Afterburner par exemple), à toi de voir.
En tout état de cause, MSI, Asus ou Gigabyte sont à privilégier. Mais Sapphire ou VTX 3d vu leurs prix sont aussi à considérer.