Ben oui ! Depuis la sortie de Windows Vista 64 bits fin 2006-début 2007 (le premier Windows tout public en 64 bits), il y a deux versions d'Internet Explorer et de Windows Media Player : en 64 bits, et aussi en 32 bits qui se lancent par défaut (parce qu'à l'époque, et ça n'a pas beaucoup changé, les principaux codecs et plug-ins n'étaient pas disponibles en 64 bits et ne pouvaient donc pas être utilisés par les versions 64 bits d'IE et de WMP).
Concernant les chemins d'accès, "C:\Program Files (x86)" désigne justement le dossier où sont installés par défaut les logiciels 32 bits, alors que "C:\Program Files" (renommé "C:\Programmes" dans l'Explorateur) contient les logiciels 64 bits. On peut les installer ailleurs mais c'est plus pratique de les regrouper et trier de cette manière, non ?