Bon, je me suis résolue à quitter PS, et donc à fermer mon fichier sans le sauvegarder...
J'ai réouvert PS, et mon fichier, et refais les manips, en vérifiant : le problème a disparu, j'ai pu enregistrer mes modifs, et passer le tout sur After Effects sans pépin.
J'ai une hypothèse : ce matin, quand j'ai ajouté des formes personnalisées dans Photoshop, Photoshop était déjà ouvert. Je ne l'ai pas fermé, ni avant de coller le fichier, ni après... Et tout à l'heure, quand j'ai supprimé ce fichier, je l'ai fait avec PS ouvert, et sans le fermer dans la foulée (puisque j'espérais encore sauvegarder).
C'est la seule explication que je trouve. Mais si vous avez des idées, ça m'intéresse !