Il n'y a rien à faire de particulier pour "partir sur une base saine" : boot sur ton DVD de Win7, au moment du choix de la partition d'installation tu supprimes tout, et tu recrée une partition selon la taille que tu veux.
Pour le partitionnement, essaie de faire 2 partitions : 1 pour le système et les applis, 1 autre pour les données. Si un jour tu veux réinstaller le PC, il suffira de formater uniquement la 1ère partition, la partition de données ne sera pas touchée.