1) Oui
2) Pas de façon significative. Je détaillerais a la question 3 ce que je veux dire.
3) Ca dépend du type de soft. En général, un logiciel stocke ses réglages dans le registre, d'éventuels fichiers temporaires dans le(s) répertoire(s) prévus à cet effet dans Windows.
Lorsqu'on en fait une version portable, on redirige toutes ces écritures sur la clé : on fait croire au soft qu'il interroge le registre alors qu'il va aller chercher ces infos dans un fichier texte, et on crée un répertoire sur la clé pour les fichiers temporaires.
On va aussi essayer de modifier le comportement du logiciel s'il a des besoins en terme de lecture/écriture de fichiers qui peuvent diminuer la longévité de la clé.
Cela s'effectue en général sans modification du code de l'appli, via un wrapper qui va intercepter les appels du soft. Pour cette raison, une appli portable consomme un peu plus de ram que la version non portable (puisqu'on charge en ram le soft + wrapper). Mais c'est non significatif, en général c'est juste quelques centaines de kilo octets en plus.
4) De façon générale, non. Une clé a un débit en lecture/écriture plus faible qu'un disque dur, mais de meilleurs temps d'accès. Si on se place hors du contexte du chargement du soft, qui peut être ralenti ou pas, et hors des écritures de fichiers sur la clé (dépend aussi du soft), les applis fonctionneront à la même vitesse qu'elles soient sur le disque dur et sur une clé usb.