C'est un peu dommage de ré-encoder une vidéo juste pour incruster des sous-titres, tu es sûr que ta télé ou ton lecteur ne lit aucun format de sous-titres ?
Sinon je sais qu'il existe un filtre avisynth (VSFilter) pour incruster des sous-titres, et probablement des programmes plus simples à utiliser, genre Freemake Video Converter.